Rys Historyczny
Kościół franciszkański jest najstarszą świątynią zakonną w Kaliszu. Ufundowany został w roku 1256, wkrótce po kanonizacji św. Stanisława biskupa (27 września 1253) w Asyżu, jako kościółek drewniany, przez księżnę Jolantę. W roku 1257 książę kaliski Bolesław Pobożny, ulegając wpływom swej małżonki, na miejscu kościoła drewnianego rozpoczął budowę kościoła murowanego, do którego w tymże roku sprowadził zakonników z Krakowa. Erekcja klasztoru kaliskiego została ogłoszona przez prowincjała, o. Daniela, na kapitule zwołanej w Inowrocławiu w roku 1257. Pierwotnym kościołem fundacji książęcej, sądząc z licznych szczegółów architektonicznych, było dzisiejsze prezbiterium o sklepieniu krzyżowym, zapewne z boczną zakrystią od północy (obecnie kaplica Męki Pańskiej). Budowa kościoła trwała kilkanaście lat, ale w roku 1283 był już zapewne całkowicie wykończony, skoro w tym roku został przez nowo kreowanego arcybiskupa Jakuba Świnkę konsekrowany pw. Św. Stanisława Biskupa i Męczennika. Kazimierz Wielki w roku 1339 otoczył świątynię i klasztor murem fortecznym oraz dokonał gruntownej przebudowy kościoła z typu bazylikowego na halowy. Z tego okresu pochodzi znajdująca się po stronie zachodniej klasztoru zakrystia ze skarbcem oraz refektarz zwany od fundatora “kazimierzowskim”. Pożar w roku 1537 i następny w 1559 zniszczyły tę piastowską fundację. Powtórnej konsekracji odbudowanego obiektu dokonał 25 listopada 1632 roku biskup Jan Baltazar Leics, sufragan wrocławski, ale wyposażenie wnętrza trwało jeszcze czas dłuższy.
Pierwotną siedzibą zakonników były zabudowania drewniane. Klasztor murowany, zabudowany w czworobok, nie posiadający jednolitej całości architektonicznej, wzniesiony został w czasach późniejszych, w miarę potrzeb i zasobów materialnych konwentu. Najstarszą częścią klasztoru jest skrzydło od strony zachodniej (zakrystia, skarbiec oraz dawny refektarz z roku 1339). Budowę pozostałych skrzydeł klasztoru rozpoczęto w roku 1637, a w niecałe sto lat później, w 1730, dobudowano drugie piętro na studium filozofii dla kleryków. Od roku 1614 do 1667 znajdował się tu także nowicjat.
W okresie porozbiorowym budowla franciszkańska uległa dewastacji. W ostatnich latach przed kasatą (1864) dokonano większej restauracji prawie całkowicie zrujnowanego kościoła. Po usunięciu z Kalisza ostatnich franciszkanów (1902), kościołem opiekowali się rektorzy wyznaczeni przez władzę diecezjalną. 20.09. 1918 roku do swej starożytnej siedziby powrócili zakonnicy i rozpoczęli restaurację kościoła . Szczególne nasilenie prac przy remontowaniu kościoła miało miejsce w roku 1922 i następnie w 1934. Gruntowną restaurację wnętrza kościoła, wraz z odnowieniem wszystkich ołtarzy, przeprowadzono w latach 1964-1966.
18 listopada 1978 roku ks. Jan Zaręba, biskup włocławski, wydał dekret erygujący parafię przy kościele franciszkańskim w Kaliszu.
Wczesno-gotycki kościół jest budowlą trzynawową, z prezbiterium, z kaplicą Męki Pańskiej i z dawną kaplicą bł. Jolanty od strony północnej prezbiterium (obecnie kruchta) i budynkami od strony południowej. Krzyżowe sklepienie prezbiterium zostało w wieku XVIII przyozdobione orłami, główkami aniołków
i ornamentem perełkowym z gipsu, zaś okna rozetami z piaskowca. W barokowym głównym ołtarzu znajduje się obraz z połowy wieku XVIII, prawdopodobnie pędzla Franciszka Smuglewicza, “Wskrzeszenie Piotrowina”. U dołu nad tabernakulum mieści się obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem, malowany w początkach wieku XVII przez Kacpra Kurcza, w roku 1618 uroczyście umieszczony w ołtarzu. Na ścianie północnej, nad neogotyckimi stallami, znajduje się murowany nagrobek o. Jana Kazimierza Biernackiego (1725), historyka, prowincjała zakonu i budowniczego klasztoru. Sklepienie nawy głównej, kolebkowe z lunetami, pochodzi z roku 1623. Ozdobiono je bogatszą sztukaterią gipsową (styl kalisko-lubelski). Ołtarze są barokowe, m. in. ołtarz św. Franciszka z obrazem “Stygmatyzacja św. Franciszka”; ołtarz Matki Bożej Różańcowej, ołtarz Przemienienia Pańskiego z obrazem przedstawiającym Oblicze Pana Jezusa, przeniesionym tutaj w roku 1782 z kościoła Świętego Ducha
i otoczonym wielką czcią wiernych; ołtarz bł. Jolanty
z wykonaną przez Mieczysława Kościelniaka kopią obrazu z Pamięcina przedstawiającego bł. Jolantę oraz z jej relikwiami, uroczyście sprowadzonymi z Gniezna
w roku 1958. W kaplicy z połowy wieku XVII, o sklepieniu krzyżowo-żebrowym, znajduje się ołtarz z obrazem Chrystusa Ukrzyżowanego, kopią obrazu Delaroche’a,
i obrazem Matki Boskiej Borgiaszowej, Pani Kalisza.
Ten ostatni – kopia obrazu Matki Bożej z bazyliki S. Maria Maggiore w Rzymie – został na zlecenie św. Franciszka Borgiasza przesłany przez generała jezuitów do Kalisza, gdzie od roku 1608 umieszczony był w tzw. Bramie Toruńskiej, a od 1626 w kościele jezuitów. Po kasacji zakonu jezuitów w roku 1787 został przeniesiony do kościoła franciszkanów. Od roku 1962 w kaplicy trwa wieczysta adoracja Najświętszego Sakramentu.
Klasztor dwupiętrowy, zabudowany w kształcie kwadratu, posiada krużganki, otaczające z czterech stron wirydarz klasztorny. Na pierwszym piętrze znajduje się cela bł. Rafała Chylińskiego. Zakonnicy zajmują zachodnią i południową część pierwszego piętra. 23 maja 1989 roku szkoła wyprowadziła się z klasztoru, pozostawiając wyeksploatowanie równe dewastacji.
Dnia 12 lutego 1997 roku została zawarta umowa między Kurią Prowincjalną a Zgromadzeniem Sióstr Nauczycielek Świętej Doroty (Córek Świętych Serc z Wioch)na dzierżawę północno-wschodniego skrzydła klasztoru (z wyjątkiem krużganków) na okres 99 lat.
Drugie piętro klasztoru od ul. Sukienniczej i Kazimierzowskiej, po opuszczeniu przez szkołę, jest niezagospodarowane. Aktualnie odrestaurowano zabytkową salę dawnego refektarza oraz wykonano klatkę schodową do drugiego piętra od ul. Sukienniczej.
W roku 2001 przeprowadzono remont dachu nad prezbiterium kościoła.
W 2003 roku wyremontowano wieżyczkę z sygnaturką, a w 2005 roku wyremontowano dach nad nawą główną kościoła oraz na wieżyczce od strony ul. Sukienniczej zainstalowano herb papieża Jana Pawła II.